牙齦萎縮和牙神經疼可能是兩個完全獨立的疾病，即患者既有牙周病又有牙髓炎，也有可能是牙周病而引起的牙髓炎，稱為逆行性牙髓炎。另外，也可能是牙齦萎縮導致的牙本質暴露，需要根據具體情況進行治療。
1、既有牙周病又有牙髓炎：牙神經疼是比較急的疾病，因此應該先做牙髓治療，也就是鉆開牙齒，建立通暢的引流，減輕牙髓內壓力，減少疼痛。如果患者是單純的牙髓炎，與牙周病無關，可以在前牙區拔除牙神經后直接進行根管準備，根據發病部位選擇治療方式，如果在后牙區，需要進行根管換藥，在根管中填入后再進行正規的根管治療，在牙髓治療結束以后，同時再治療牙周病，如外涂氯己定甲硝唑乳膏等，可幫助消炎；
2、逆行性牙髓炎：如果是由于牙周病引起的逆行性牙髓炎，在拔除牙神經以后，還需要進行根管換藥，待炎癥完全控制以后，再進行徹底的根管治療。另外，還應該針對牙周炎進行治療，如潔治、刮治、根面平整，以控制牙周炎癥；
3、牙本質暴露：牙齦萎縮后，會導致牙齒露出部分增多，感覺敏感，建議進行脫敏治療，如局部涂抹氟化鈉甘油糊劑，堵塞牙本質小管，降低牙齒敏感度。