由于病毒性腹瀉是自限性疾病，且沒有特效抗病毒藥物，通常不使用抗病毒藥物，而采用對癥治療的方法緩解病情，需要特別注意寶寶病毒性腹瀉容易造成脫水，因此不建議家長盲目服藥，要在專業醫師指導下使用藥物，以免延誤病情導致不良后果。臨床上常用的藥物包括止瀉藥、微生態制劑以及補液藥物。
1、止瀉藥：常用蒙脫石散，可以固定、抑制致病病毒及其毒素，降低病毒的致病作用，并能夠幫助修復腸道黏膜，從而起到止瀉作用；
2、微生態制劑：如枯草桿菌二聯活菌、雙歧桿菌三聯活菌等，能夠調節寶寶的腸道菌群，提高腸道對病毒的抵抗力，幫助局限和控制腸道病毒，使臨床癥狀得到緩解；
3、補液藥物：應特別關注寶寶的尿量、眼淚、皮膚狀態，如果寶寶出現尿量減少、哭時無淚、皮膚彈性變差、皮褶增多等癥狀，通常提示寶寶脫水，重度脫水會嚴重影響寶寶的生命健康，因此一旦出現脫水，應及時給予寶寶補充口服補液鹽，必要時可以進行靜脈輸液治療如平衡鹽溶液，由于脫水常伴電解質紊亂，需要查血生化并根據結果糾正電解質紊亂。
