一般情況下，雙醋瑞因膠囊和阿法骨化醇軟膠囊可以一起吃，但需要遵醫囑吃。具體情況分析如下：
雙醋瑞因膠囊主要用于治療退行性關節疾病，可顯著改善骨關節炎引起的疼痛和關節功能障礙，但是在服用促進消化的藥物時，應禁服雙醋瑞因膠囊，并且為提高雙醋瑞因膠囊的生物利用度，應避免在服用該藥物的同時服用含有氫氧化鋁和氫氧化鎂的藥物。阿法骨化醇軟膠囊為鈣代謝調節藥，主要成分為阿法骨化醇，不屬于雙醋瑞因膠囊的禁用藥物范圍，所以兩者可以一起吃，不會發生毒副反應，但是需要遵醫囑用藥。