早晨起來口干、口臭可能是由于消化系統疾病、口腔疾病、呼吸系統疾病等所導致，情況不同，治療方式也會不同，建議遵醫囑進行針對性治療。
1、消化系統疾病：如胃炎、幽門螺桿菌感染等情況，由于口腔與消化道相通，當出現胃炎時，身體消化能力會下降，導致腸胃蠕動減慢，造成食物在腸道里面堆積，可能會出現胃食管反流，從而引起反胃、燒心的癥狀，會感覺早晨起來口干、口臭。通常需要遵醫囑使用保護胃黏膜的藥物，如鋁碳酸鎂片、枸櫞酸鉍鉀顆粒等藥物進行治療，可減緩以上癥狀。
2、口腔疾病：若患者出現口腔疾病，如牙齦炎、牙周炎等，由于炎癥刺激，可能會使口腔里面的分泌物變多，導致口腔里的氣味變得難聞。同時口腔里的食物殘渣以及細菌長時間地堆積，也會產生難聞的氣味，導致在早晨時出現口干、口臭的情況。建議飯前飯后用生理鹽水漱口，也可以遵醫囑應用阿莫西林制劑、甲硝唑制劑等藥物進行治療。
3、呼吸系統疾病：如急性咽喉炎、慢性支氣管炎、扁桃體炎等疾病，以扁桃體炎為例，是腭扁桃體的非特異性炎癥，由于細菌積存于扁桃體隱窩內，容易出現發酵的情況，導致在早晨出現口干、口臭的情況。患者可以遵醫囑使用冰硼散等藥物進行治療，起到清熱消炎的作用，日常可以多吃清熱、潤喉的食物，如雪梨、白蘿卜等，都能緩解扁桃體炎引起的不適癥狀。
另外，如果存在糖尿病酮癥酸中毒等疾病，患者由于血糖水平升高，血滲透壓處于較高狀態，刺激口渴中樞，發生明顯的口干的癥狀。患者白天可能在工作或忙碌時感覺不明顯，但晨起時可能相對較明顯，且伴隨口臭。通常可以遵醫囑應用胰島素治療，可提高身體對葡萄糖的利用率，減少脂肪分解和降低酮體累積，從而達到改善病情的目的。