鹽酸氨基葡萄糖膠囊是藥物，而氨糖軟骨素是保健藥品，沒有嚴格的藥物標準，雖然都可用于治療關節炎，但在藥物成分和作用機制兩方面有很大的不同。
1、成分不同：鹽酸氨基葡萄糖膠囊主要的成分是鹽酸氨基葡萄糖，而氨糖軟骨素除了含有氨基葡萄糖，還添加了硫酸軟骨素等物質；
2、作用機制不同：鹽酸氨基葡萄糖是存在于機體內，尤其是關節軟骨中的氨基單糖，它是關節滑液、軟骨基質等器官、組織的組成原料，具有抗炎及保護、營養關節和軟骨的作用。而氨糖軟骨素除了有鹽酸氨基葡萄糖的同樣作用外，其中所含的硫酸軟骨素可以抑制軟骨基質的破壞，改善關節軟骨的微環境。
需注意的是，這兩種藥物只能延緩或者抑制軟骨破壞的速度，但對軟骨的修復、重建、再生并沒有作用，所以對于中晚期的骨關節炎患者，僅能作為輔助用藥治療，在治療的同時還需要采取其他的治療手段，如手術治療，才能對關節炎有相對較穩妥和完善的治療。