HPV16陽性的治療是否很難，還需依據女性的病情嚴重性和臨床表現來作出決策，有可能不困難，也可能比較困難，如果診斷出HPV16呈陽性，建議嚴格按照醫生的建議進行治療，否則可能會引起宮頸癌前病變，甚至宮頸癌的發生，需要及時就醫進行治療。
1、不困難：當診斷出HPV16呈陽性時，女性需要前往醫院接受宮頸TCT檢查。如果宮頸TCT和陰道鏡的檢查結果都是正常的，并且沒有出現任何明顯的癥狀，由于人體具有清除大多數病毒的能力，因此在這種情況下，可以根據醫生的建議進行定期的復查，暫時不需要進一步治療。對于已經有了明顯癌瘤表現的女性應該及時就診，必要時需接受腫瘤切除或放療。如果宮頸TCT檢查的結果顯示異常，由于宮頸癌的發展歷程相對較長，因此在沒有確診為宮頸癌前病變的情況下，可以在醫生的指導下采用陰道給藥的方法進行治療，例如使用人干擾素α2b凝膠、保婦康栓等。如果女性同時患有尖銳濕疣，還需通過激光治療、冷凍技術或手術等多種方法來去除疣體。在接受藥物治療的過程中，女性不應同房，并應進行有氧運動以提高身體的抵抗能力，并應定期進行身體檢查。
2、比較困難：如果女性沒有按時到醫院進行體檢，并且已經出現了嚴重的臨床癥狀，在進行宮頸TCT檢查后，綜合診斷為宮頸癌，這種情況可能會增加治療的難度，是非常難以治療的。宮頸錐切手術是必要的，這種手術主要是為了移除受損的宮頸組織，而在治療結束后，為了防止其進一步擴散，女性還需繼續接受化療和放療。
另外，鑒于HPV16是一種高風險的人乳頭瘤病毒，因此，當伴侶中的一方檢測出陽性反應時，建議另一方也接受HPV的檢測，并在確診后立即進行治療。