藿香正氣水和藿香正氣丸皆源于經典方劑藿香正氣散，盡管功效相似，兩者在細節上有所差異。主要區別在于成分配比、劑型（液體與固體），以及藥效起效的速度。
藿香正氣丸主要由廣藿香、甘草、白芷等植物提取物構成，包括厚樸、炒白術、陳皮、紫蘇葉、茯苓、桔梗、大腹皮、大棗、法半夏和生姜等成分。相比之下，藿香正氣水在原有基礎上增添了乙醇成分。在劑型上，前者是丸劑，由中藥粉末和蜂蜜制成，適合不適應乙醇或需駕駛者選用，因其無酒精氣味。藿香正氣水作為液體制劑，典型特征是棕色透明，適用于廣大人群；其藥效呈現漸進式釋放，特別針對解表除濕、調理脾胃的功效。
需要注意的是，藿香正氣水含乙醇成分，其揮發性質使藥效迅速展現，但注意適量使用，避免刺激。