兒童肺部灌洗是指在兒童支氣管鏡下進行，使用相關藥物對肺泡進行灌洗的一項診斷和治療性操作。一般用于肺泡灌洗液留取做病原學檢查和清除肺部分泌物、氣道廓清，以明確病原和改善肺部感染及通氣狀況。但也可能會產生一些副作用，如呼吸道黏膜損傷、發熱、出血、誘發哮喘發作、麻醉藥過敏、肺水腫等。
1、呼吸道黏膜損傷：在氣管鏡檢查時，氣管鏡需經鼻腔、咽腔、聲門、氣管、支氣管等部位，此時，若配合程度欠佳，可能會造成相應部位的局部損傷。但支氣管鏡屬于軟鏡損傷有限，通常能自行恢復；
2、發熱：在感染性疾病做肺泡灌洗后，肺部大量炎性物質可能會經支氣管流出，可能會出現吸收熱的情況，即身體與炎性物質對抗反應。此種發熱一般時間短、次數少，通常可自行恢復，建議多飲水促進機體排泄；
3、出血：存在某些特殊疾病時，肺部血管會受到侵蝕，如肺部真菌感染、肺結核、腫瘤性疾病等。此時做肺泡灌洗，灌洗給予氣道的壓力和吸引所產生的負壓可能會造成局部出血，凝血功能無異常的兒童一般使用局部的止血藥物及靜脈止血藥物即可控制；
4、誘發哮喘發作：氣管鏡檢查及肺泡灌洗時，會對氣道產生一定的刺激，哮喘在進行檢查和操作時，可能會誘發氣道的高反應，出現哮喘發作。所以一般在術后會進行常規的霧化治療，減輕氣道高反應；
5、麻醉藥過敏：兒童氣管鏡肺泡灌洗一般在局麻或全麻下進行，所以在做肺泡灌洗時，需注意有無麻醉藥物的不良反應，通常局部麻醉藥物反應和麻醉風險較小；
6、肺水腫：肺泡灌洗時需將液體性藥物灌洗于肺組織，此時應注意灌洗液的用量和兒童的耐受能力，灌洗液體量超過兒童的承受能力時，可能會出現肺水腫。一般使用脫水劑治療后，相關癥狀可改善。
此外，還可能會導致呼吸困難及心跳驟停，但發生概率較低，此種情況多發生于重癥及存在心臟基礎疾病的患者，對于呼吸情況穩定且無心臟基礎疾患不易出現此類情況。兒童支氣管鏡肺泡灌洗是一項較成熟的檢查及治療技術，相應風險在可承受范圍內。若無絕對禁忌證，可耐受此項檢查，副反應相對較小。且副反應一般在24小時內出現，通常不會對身體造成長期影響。