苦蒿不建議長期泡水喝，苦蒿味苦、微甘，性涼，有清熱、解毒、涼血等功效，但長期飲用可能會對身體產生不良影響。在使用這類具有藥用性質的植物時，要充分了解其特性，結合自身情況合理飲用，避免因不當飲用而損害健康。
在中醫理論中，苦蒿的清熱之功可用于緩解體內熱毒熾盛之象，對于發熱、目赤腫痛等熱證有一定的改善作用，解毒能應對熱毒瘡瘍等情況，涼血可減少因血熱導致的出血或煩躁等問題。
但是苦蒿性涼，長期泡水飲用會損傷人體陽氣，人體陽氣猶如天空中的太陽，對維持生命活動較為重要，若陽氣受損，脾胃運化功能會受影響，可能出現食欲不振、腹脹、腹瀉等情況。
苦蒿對胃腸道有一定的刺激，長期飲用可能導致胃腸黏膜受損，影響消化功能。對于體質虛寒者，長期飲用苦蒿水危害更大，會加重體內的寒象，如四肢發冷、畏寒等。
在飲用苦蒿水時，要明確自身的體質，體質偏熱且有實熱癥狀者，可在癥狀出現期間適量飲用，但癥狀緩解后應停止。飲用時要注意控制量，不宜過量，若飲用過程中出現腹痛、惡心、嘔吐等不適癥狀，應立即停止飲用。