兩個月寶寶邊吃奶邊哭，手腳還亂蹬可能是乳汁分泌不足、舌炎、鵝口瘡等原因引起的，需要根據實際情況進行相應的處理，具體分析如下：
1.乳汁分泌不足：如果女性的乳汁分泌不足，在吸奶的時候寶寶會出現吮吸過度用力的情況，從而出現兩個月寶寶邊吃奶邊哭，手腳還亂蹬的現象，可以通過適當增加女性的營養，同時給兩個月寶寶喂養奶粉來緩解。
2.舌炎：該病主要是舌頭部位受到細菌的感染引起的，可能會出現兩個月寶寶邊吃奶邊哭，手腳還亂蹬的癥狀。家長可以遵醫囑給兩個月寶寶服用頭孢克肟顆粒、頭孢克洛顆粒等藥物進行治療。
3.鵝口瘡：鵝口瘡是寶寶比較常見的口腔疾病，常表現為兩個月寶寶邊吃奶邊哭，手腳還亂蹬或是煩躁不安等癥狀。家長可以在醫生的指導下給兩個月寶寶使用制霉菌素片、維生素B2片等藥物進行治療。
治療期間家長要注意給兩個月寶寶清淡飲食，注意身體的清潔衛生，有助于病情的恢復。