HPV陰性也可能會有扁平疣，建議患者及時到醫院就診。
扁平疣是由人乳頭瘤病毒感染引起的，引起扁平疣的病毒主要是低危型HPV，常見的是HPV-3、HPV-10等亞型。檢測HPV時，如果檢測的項目不包括引起扁平疣的特定亞型，或者檢測方法的敏感性有限，就可能出現假陰性結果。而且，人體的免疫系統在感染HPV后可能會清除病毒，在病毒被清除后進行檢測也會顯示HPV陰性，但皮膚已經出現了扁平疣。另外，扁平疣的形成除了病毒感染外，還和皮膚的局部免疫狀態有關。當皮膚的免疫力下降時，即使體內病毒載量很低或者已經被清除，之前感染病毒引發的皮膚病變依然可能持續存在，表現為扁平疣。
患者平時應注意保持良好的生活習慣，規律作息，避免過度勞累和精神壓力過大，以維持皮膚正常的免疫功能。