女性患者進行兩癌篩查時，如果宮頸TCT檢查出現非典型腺細胞但HPV陰性的情況，就說明患者可能存在宮頸炎、宮頸癌前病變、宮頸原位癌等疾病，需要進一步做陰道鏡檢查、病理活檢等明確診斷。如果病理活檢發現癌細胞或癌組織，即可確診為宮頸癌。
1、宮頸炎：可能是由于性生活、宮腔操作等損傷宮頸，誘發宮頸感染導致，表現為陰道分泌物增多、有異味等癥狀。患者通過婦科檢查可發現宮頸充血、水腫等表現，陰道分泌物檢查會發現白細胞增多，并且還會出現非典型腺細胞但HPV陰性的情況。此時可在醫生指導下使用保婦康栓、抗宮炎片等藥物治療，也可進行冷凍、激光、微波治療；
2、宮頸癌前病變：具有癌變傾向，可能會出現分泌物增多、血性或膿性分泌物、分泌物臭味、小腹疼痛等癥狀。到醫院就診也會出現TCT檢查顯示非典型腺細胞但HPV陰性的情況，此時可根據病情進行宮頸錐切術治療，或放射治療；
3、宮頸原位癌：屬于惡性腫瘤，為臨床分期中較早期的宮頸癌，可能會出現膿性或血性分泌物、接觸性出血、陰道不規則流血、腰骶部酸痛、小腹疼痛等癥狀，會出現非典型腺細胞但HPV陰性的情況，病理活檢存在癌細胞或癌組織。此時需要由醫生根據病情進行判斷，可遵醫囑選擇手術治療，配合放射治療、化學藥物治療等。