肛周膿腫手術包含肛周膿腫切開引流術和根治性手術，切開引流術一般會形成肛瘺，而根治性手術通常不會形成肛瘺。
1、肛周膿腫切開引流術：手術前會對局部進行消毒和麻醉，然后根據膿腫的大小作十字切口，清理膿腔內的壞死組織、膿液，使用碘伏紗條引流，等到膿液排完以后，使用無菌敷料覆蓋后進行包扎。等到膿腔逐漸縮小就會形成肛瘺，這是一種正常的現象，主要是由于原發病灶沒有做特殊處理。此時需要進行第二次手術，進行治療，就能夠完全治愈肛周膿腫。
2、根治性手術：該手術方式主要適用于單純的、比較表淺的肛周膿腫。醫生一般會在患者的肛門外做一個切口，將膿液排出，然后將內口和外口之間的組織全部切開，使膿腔充分暴露。幫助肉芽組織從膿腔底部向上生長，使膿腫部位逐漸愈合，該手術的特點就是處理了肛周膿腫的感染灶，引流更通暢，降低術后膿腫復發或形成肛瘺，相對比較徹底。
無論使用哪種手術方式進行治療，術后都要保持局部的清潔衛生，飲食上應該吃小米粥、雞蛋羹等清淡易消化的食物，避免吃麻辣燙、火鍋、燒烤等辛辣刺激性的食物，以免影響術后的恢復。