腸鏡是診斷大部分腸道疾病的金標準，其敏感性、準確性均優于結腸造影。臨床上通常認為，腸鏡對腸道疾病的診斷價值，優于一切影像學檢查包括腸道造影、腹部CT、腹部核磁等等。
腸鏡是指使前端帶有攝像頭的橡膠軟管進入大腸內，觀察大腸黏膜，并將采集到的黏膜圖像，通過光纖運輸并呈現在電腦屏幕上。而結腸造影是服用鋇劑以后再進行X線造影，由于鋇較少被X線穿透，可以與胃腸道內的其他器官形成對比，從而觀察胃腸道形態和辨別疾病。因此，腸鏡能夠更直接、清晰地觀察到黏膜的微小病變，必要時還能對病變部位進行活檢，以明確病變性質。雖然結腸造影相對于腸鏡來說操作簡單，病人痛苦小，但是結腸造影屬于間接觀察病變的檢查方法，敏感性不及腸鏡，且不能取活檢，無法取得組織學的證據，即無法明確病變性質，因此腸鏡比結腸造影更準確。