男性頂體酶低比較好治，主要治療方式有改善生活方式、注意飲食等非藥物治療和藥物治療。非藥物治療主要是日常生活中要養成良好的生活習慣，戒煙戒酒，適量增加運動，減少有害化學物品的接觸。臨床的治療藥物主要分為中成藥和西藥，常用藥物有復方玄駒膠囊、參杞強精膠囊，還包括維生素E片、維生素C片等。
頂體酶活性可以反映精子質量，活性低可能會使精子難以穿透卵母細胞透明帶，從而導致不育。當精子頭部進入卵母細胞透明帶時，頂體酶原被活化為頂體酶，水解卵母細胞周圍的放射冠和透明帶，精子穿過透明帶和卵子融合。所以由此可見，頂體酶活性低會導致體外受精率下降，但對受精之后的胚胎發育沒有明顯影響。對于頂體酶活性低無法正常體外受孕的患者，也可以進行選擇人工輔助生殖技術。