支原體和衣原體對多種抗生素敏感，可在醫生指導下使用敏感的抗生素進行治療，同時去除原發的感染病灶，一般可以達到臨床治愈，不存在哪個好治。如果診斷存在支原體或衣原體感染，建議及時前往醫院進行相關檢查，明確病因并進行積極治療。
支原體是介于病毒與細菌之間的原核細胞微生物，分為肺炎支原體、生殖支原體、解脲支原體。肺炎支原體可以引起上呼吸道感染以及下呼吸道感染，生殖支原體、解脲支原體可以引起盆腔炎、宮頸炎、陰道炎、尿道炎、腎盂腎炎等疾病。衣原體是專性細胞內寄生的原核細胞型微生物，常見的致病性衣原體包括肺炎衣原體、沙眼衣原體等。肺炎衣原體可以引起上呼吸道感染，沙眼衣原體可以引起沙眼。對于支原體和衣原體的治療，常選擇敏感的抗生素為大環內酯類的羅紅霉素、阿奇霉素等，或喹諾酮類的左氧氟沙星、莫西沙星等，也可以選擇多西環素進行治療。但是泌尿生殖系統的支原體感染屬于性傳播疾病，治療時一般需要夫妻同治，治療期間應注意避免性生活。
如果有支原體或衣原體感染，在日常生活需注意休息、保暖、多喝水，避免過度勞累、抽煙、喝酒、熬夜等不良的生活習慣。飲食上建議以高蛋白、高維生素食物為主，如雞蛋、牛奶等，可以多吃新鮮的蔬菜、水果，避免食用過于生冷、油膩、辛辣、刺激性的食物。