懷孕40天孕酮低且看不到孕囊，可能是飲食不當、先兆流產、異位妊娠等因素引起的，需對癥進行治療。
1.飲食不當：若是懷孕后，孕婦不注意護理，營養攝入不足，可能會影響胎兒的生長發育，導致孕酮分泌降低，引起胎兒發育緩慢，出現孕囊發育遲緩的現象。此時孕婦一般不會出現其他不適癥狀，且孕酮偏低的程度較小，平時需做好飲食護理，可幫助胎兒發育。
2.先兆流產：該病一般是指懷孕28周以前，孕婦出現流產征兆，尚未構成流產的狀態，常會出現腹痛、陰道出血、停經等癥狀，可導致胎兒發育遲緩，孕酮也會出現不同程度地下降。建議孕婦在醫生指導下使用黃體酮膠丸、地屈孕酮片、固腎安胎丸等藥物治療。
3.異位妊娠：該病一般是受精卵在子宮腔外著床發育的一種異常妊娠過程，由于異常的妊娠位置，導致孕酮分泌不足，通常會出現偏低的現象，子宮內通常也無法發現孕囊。為避免病情加重，還需及時終止妊娠。
除此之外，胎兒停育也可能會出現該癥狀，需及時就醫進行治療。