首先腦栓通不同于栓塞，它含有蒲黃、赤芍、天麻、漏蘆等成分，而栓塞通則含有三七、丹參、黃芪、玄參等。
其次二者的療效差別很大，腦栓通可以活血通絡，去風化痰，而血栓通則可以活血化瘀，益氣養陰，所以要針對具體的病癥服用。
最后腦栓通有很大的副作用，會導致腸胃不適，出現反胃、嘔吐等癥狀。所以，每一種藥物，都會有很大的區別。