二十五味珊瑚丸的副作用主要有胃腸道不適、心率過快、過敏等，用藥應謹遵醫囑。
1、胃腸道不適：患者在服用藥物時可能由于使用不當或自身腸胃不好，導致藥物刺激胃黏膜出現腸道不適的癥狀。
2、心率加快：主要是用來治療癲癇或者痙攣等疾病，在服用藥物時藥效發作，可能會導致患者心率加快的情況出現。
3、過敏：部分患者屬于過敏體質，并且與二十五味珊瑚丸中某一成分產生過敏反應，多表現為皮膚皮疹，呼吸困難等癥狀，嚴重時還可能會出現休克的后果。需要及時就醫治療，以免耽誤病情。