男性被支原體感染時，由于支原體沒有細胞壁，因此頭孢類抗生素、青霉素類抗生素對支原體無效。可以在醫生指導下選擇喹諾酮類抗生素，如鹽酸左氧氟沙星片、鹽酸莫西沙星片，或者使用大環內酯類抗生素，如阿奇霉素片、羅紅霉素片、紅霉素腸溶膠囊，或者使用四環素類抗生素，如鹽酸多西環素片、鹽酸米諾環素膠囊等。男性支原體感染可分為肺炎支原體、解脲支原體、泌尿生殖支原體等，可根據支原體不同的類型進行藥物治療。
1、肺炎支原體感染：肺炎支原體常引起支原體肺炎，患者可以出現發熱、干咳以及呼吸困難等癥狀。肺炎支原體對大環內酯類抗生素比較敏感，因此常選擇紅霉素腸溶膠囊、阿奇霉素片等藥物進行治療，如果患者對大環內酯類抗生素不敏感，可選擇鹽酸左氧氟沙星片、鹽酸多西環素片進行治療；
2、解脲支原體感染：男性解脲支原體和生殖支原體感染后可以出現尿道炎、附睪炎，患者可以出現尿頻、尿急、排尿痛癥狀，分泌物可發現支原體DNA陽性，還可以引起男性不育癥。需要注意解脲支原體常在泌尿生殖道內出現定植現象，患者沒有明顯的臨床癥狀和體征，此時不需要進行抗菌治療，但需要定期隨訪，如果出現癥狀需要給予抗生素進行治療，常選擇大環內酯類抗生素，如阿奇霉素片、羅紅霉素片、紅霉素腸溶膠囊等；
3、泌尿生殖支原體感染：泌尿生殖道支原體感染時，應該給予阿奇霉素片、紅霉素腸溶膠囊、鹽酸多西環素片、鹽酸左氧氟沙星片或鹽酸莫西沙星片治療，療程7-14天。治療2周后要去醫院復查支原體DNA，如果支原體DNA陰性則提示治愈，陽性則要再次進行治療。男性發生泌尿生殖道支原體感染屬于性傳播疾病，主要通過性接觸傳播，因此需要夫妻同治，在治療期間避免性生活。
此外，患者在使用藥物時，建議避免自行更換或者停止藥物，應該在醫生的指導下使用藥物，以免產生使用藥物的耐藥性或者副作用。在使用藥物時，注意多休息，避免吃辛辣刺激性食物，如辣椒、芥末等。