臨床上沒有明確說明三個月嬰兒一天排便幾次算腹瀉，根據臨床醫生的經驗，一般三個月嬰兒一天排便3-5次屬于正常情況，超過5次則算腹瀉。
由于三個月嬰兒剛出生不久，消化系統并沒有很完善，身體對于乳糖的耐受情況可能不是很好，而且對于三個月嬰兒進食的食物都是流質食物，有利于機體的消化、吸收，有的嬰兒進食量較多，有的嬰兒進食較少，因此沒有固定的排便次數，通常在3-5次。如果超過5次且大便性狀異常，如蛋花狀、水樣便等，此時則屬于腹瀉。
若三個月嬰兒在進食時，速度過快或是姿勢不正確，可能會導致冷空氣進入體內，導致胃腸蠕動增加，誘發腹瀉，此時可使用溫毛巾熱敷腹部，緩解不適癥狀。另外，嬰兒腹瀉還可能是病原菌侵入體內，刺激胃腸道引起，此時可遵醫囑使用阿莫西林顆粒、頭孢呋辛酯顆粒等藥物進行治療。在腹瀉時也應注意多給三個月嬰兒補充水分，以免脫水。
若發現三個月嬰兒排便次數增多且伴有哭鬧等情況，建議及時帶三個月嬰兒到醫院兒科就診，進行便常規、血常規等檢查明確診斷，積極配合醫生治療。