射頻手術通常指的是內鏡下射頻消融手術治療，手術時間長、對消化道的刺激大、費用昂貴，且遠期臨床效果有待研究。因此對于胃食管反流病的患者，臨床建議以藥物治療為主，而不建議選擇內鏡下射頻消融手術治療。
內鏡下射頻消融手術治療，是在胃鏡的引導下，將帶球囊的探頭、射頻導管，經內鏡的活檢孔送到胃和食管的結合部，在球囊上有4個針樣電極，可以刺入到胃和食管連接部的肌肉層中，釋放射頻電流產生熱量，造成局部組織的破壞再生，從而增加下食管括約肌的厚度和張力，且射頻能量能夠破壞食管肌層的迷走神經，阻斷一過性下食管括約肌松弛，此種治療方法適用于不能耐受長期服藥的患者，可在一定程度上改善胃食管反流病的反酸、燒心的癥狀，但該治療方法價格昂貴，對于下食管括約肌損傷通常不可逆，有發生食管狹窄或穿孔的風險，且需有經驗的內鏡醫生進行操作，因此臨床并未廣泛應用，其治療效果，也有待進一步的觀察。
臨床對于胃食管反流病的治療，常采用藥物治療，藥物治療方便、安全、有效、價格低廉。常用的藥物包括質子泵抑制劑，如奧美拉唑、雷貝拉唑鈉等，并在抑制胃酸的同時，使用多潘立酮片等藥物，加強食管和胃蠕動，以清除反流到食管的胃酸。