清晨夜間咳嗽加重且抗生素治療無效可能是咳嗽變異性哮喘、胃食管反流、嗜酸粒細胞性支氣管炎、變應性咳嗽、上氣道咳嗽綜合征等原因導致的，患者需要及時到醫院就診，并且配合醫生對癥治療。
1、咳嗽變異性哮喘：主要是氣道高反應性和慢性炎癥導致，患者常在清晨或夜間出現刺激性干咳。患者可以按照醫囑使用沙丁胺醇氣霧劑、布地奈德福莫特羅粉吸入劑等藥物進行治療，一般可以舒張支氣管、減輕炎癥反應。
2、胃食管反流：胃酸反流刺激食管和咽部，引起咳嗽，尤其在平臥時容易發作。患者可以按照醫囑使用奧美拉唑腸溶膠囊、多潘立酮片等藥物進行治療，通常可以抑制胃酸分泌、促進胃腸蠕動。
3、嗜酸粒細胞性支氣管炎：以氣道嗜酸粒細胞浸潤為特征，表現為慢性咳嗽。患者需避免接觸過敏原，可以按照醫囑使用糖皮質激素如潑尼松片、甲潑尼龍片等藥物進行治療，一般可以減輕炎癥反應。
4、變應性咳嗽：多由過敏原刺激引起。患者常表現為刺激性干咳。患者應避免接觸過敏原，可以按照醫囑使用氯雷他定片、孟魯司特鈉片等藥物進行治療，通常可以抗過敏、減輕咳嗽。
5、上氣道咳嗽綜合征：鼻部疾病引起分泌物倒流至鼻后和咽喉等部位，導致咳嗽。患者可以按照醫囑使用布地奈德鼻噴霧劑、糠酸莫米松鼻噴霧劑等藥物進行治療，一般可以減輕鼻部炎癥。
患者在日常生活中要注意休息，保持室內空氣流通。