新生兒藍光照射治療應該注意保護眼睛。如果是短暫的藍光照射到眼睛是不需要特殊治療，注意避免再次接觸即可。如果長時間藍光照射會對眼睛視網膜造成損害，需要到眼科就診。
藍光照射時采用的光波波長主峰在425-475nm，此波段的藍光易對視網膜黃斑及外生殖器黏膜造成傷害，因此，藍光照射治療時應該注意應用遮光眼罩遮住寶寶雙眼，用藍光照射專用的遮光尿褲保護新生兒會陰處。新生兒眼睛處于發育狀態，視網膜黃斑發育不成熟，一般來說短暫的藍光照射到新生兒的眼睛不需要特別的擔心，在藍光照射過程中繼續保護好眼睛，不再發生眼部暴露，一般不會有太大的問題。但如果藍光照射中長時間暴露新生兒的眼睛，就可能導致眼睛受到傷害，需要到眼科完善眼底檢查，檢查是否對視網膜黃斑造成損害，嚴重者會影響到新生兒后期眼睛視力的發育。
由于新生兒在翻身的時候，可能使眼罩脫落，因此新生兒在照藍光期間，父母應時刻注意新生兒的狀況，以免藍光對新生兒造成傷害。