長期吃壯腰健腎丸的副作用一般不大，但也需要在專業醫生指導下合理用藥，不可以自行盲目增加藥量，以免用藥不當增加藥物副作用，從而對身體健康不利。
壯腰健腎丸是一種中成藥，藥品類型為祛濕藥，主要是由黑老虎、千斤拔、狗脊、桑寄生(蒸)、雞血藤、金櫻子、女貞子等中藥材組成，具有壯腰健腎、養血和祛風濕的功效。因為壯腰健腎丸的主要成分是中藥材，副作用一般都比較小，在一起配伍制作成壯腰健腎丸以后的副作用也較小，臨床也尚未發現明顯的藥物副作用。如果患者符合藥物適應證，遵醫囑用藥可以在一定程度上改善腎虧腰痛、膝軟無力和風濕骨痛等病癥，嚴格遵醫囑用藥一般不會出現很明顯的不良反應和副作用。
雖然壯腰健腎丸的副作用比較小，但是患者在使用藥物治療疾病時，也不可以私自加減劑量或延長用藥時間，以免影響治療效果。如果患者服用壯腰健腎丸一段時間癥狀仍然沒有得到改善，需要到正規醫院就診治療，以免病情加重對身體健康產生不利影響。而且對此藥物過敏者，應避免服用，過敏體質者慎用，以免引起皮疹、瘙癢等不適。
此外，患者在服用藥物期間要以清淡易消化的食物為主，避免吃生冷辛辣油膩的食物，以免影響藥物的吸收，也不利于病情的恢復。