百日咳得過一次不能終生免疫，雖然得過百日咳以后，身體內會產生一定的保護性抗體，但是隨著保護性抗體的逐漸降低或消失，如果抗體消失，也有可能感染百日咳桿菌導致發病。對于易感人群來說，建議通過接種百日咳的疫苗進行保護，雖然接種后也不會達到終身免疫的效果，但是可以在一定時間內預防百日咳。
在百日咳的預防過程中，控制傳染源，保護易感人群很重要。控制傳染源是指隔離患者，保護易感人群是指通過接種疫苗，避免易感人群感染百日咳桿菌。目前是接種白喉、百日咳、破傷風3聯制劑疫苗，注射時間是3、4、5月齡進行初次免疫，18-24月齡進行加強免疫，完成初次免疫和加強免疫后，百日咳疫苗的保護時間大約是6年。隨著年齡增長，疫苗的保護作用會逐漸減弱，所以百日咳疫苗對百日咳缺乏長期的免疫作用，而加強疫苗接種對減少發病很重要。得百日咳后，出現的免疫反應與接種疫苗類似，也是產生保護性抗體，隨著時間推移保護性抗體水平也會逐漸降低，甚至會完全消失，所以百日咳得過一次不會終生免疫。
百日咳的易感人群大多數是兒童，成人也有發病的情況，近年來，青少年和成人百日咳桿菌感染率呈現上升趨勢，人群感染后多數癥狀輕微或沒有癥狀，但卻是重要的傳染源。所以兒童要注意接種百日咳疫苗，以免受到無癥狀感染者的傳染。