一般來說，男孩子生殖器下端長了個透明的小米粒肉球，可能是龜頭炎、生殖器皰疹等原因引起的，需要根據自身情況進行相應的處理。具體分析如下：
1.龜頭炎：龜頭炎是龜頭組織受到細菌的感染引起的，男孩子可能會出現生殖器下端長了個透明的小米粒肉球的現象，一般還伴有瘙癢、分泌物增多等癥狀。家長可以在醫生的指導下給男孩子使用莫匹羅星軟膏、紅霉素軟膏等藥物進行治療。
2.生殖器皰疹：生殖器皰疹是單純皰疹病毒引起的性傳播疾病，可能會出現男孩子生殖器下端長了個透明的小米粒肉球的現象，一般還伴有乏力、壓痛等癥狀。家長可以在醫生的指導下給男孩子使用阿昔洛韋軟膏、噴昔洛韋乳膏等藥物進行治療。