通常情況下，真菌免疫熒光染色診斷是查是否存在真菌感染疾病。
真菌免疫熒光染色是一種新型的染色技術，主要是將熒光素與抗體合成熒光抗體，然后再與皮屑、甲屑、毛發、痰液等待檢標本中的抗原發生反應，一般能有效查找真菌，并且還可以確定真菌的類型。比如馬拉色菌性毛囊炎、股癬、手足癬、頭癬、花斑糠疹、濕疹、銀屑病等真菌感染疾病，都可以通過真菌免疫熒光染色進行診斷。另外，外陰陰道假絲酵母菌病、霉菌性肺炎等深部真菌病也能通過真菌免疫熒光染色明確，對真菌疾病的鑒別有非常重要的意義。