一般情況下，陰囊有兩個小水皰，有點疼，可能是細菌感染、陰囊濕疹、生殖器皰疹等原因導致的，通常可以根據不同的情況給予相對應的治療，具體分析如下：
1.細菌感染：如果患者個人清潔衛生護理不當，沒有經常更換內褲，可能使陰囊部位受到細菌感染，進而可能導致陰囊有兩個小水皰，有點疼，患者可以在醫生的指導下通過藥物治療進行緩解，常見藥物有紅霉素軟膏、阿昔洛韋乳膏、利拉萘酯乳膏等。
2.陰囊濕疹：陰囊濕疹是較為常見的一種皮膚疾病，局部出汗過多、過度抓撓等因素都可能引發陰囊濕疹，進而導致陰囊有兩個小水皰，有點疼，患者可以在醫生的指導下通過藥物治療進行緩解，常見藥物有鹽酸左西替利嗪片、地塞米松片、依巴斯汀片等。
3.生殖器皰疹：如果患者性生活不潔或者是有多個性伴侶，便可能使生殖器部位受到皰疹病毒感染，引發生殖器皰疹，可能導致陰囊有兩個小水皰，有點疼，患者可以在醫生的指導下使用阿昔洛韋乳膏、鹽酸伐昔洛韋膠囊、泛昔洛韋片等藥物進行緩解。