三歲小孩大便時痛，可能是便秘、肛門發炎、肛裂等原因引起的，家長可以帶小孩到醫院就診，查明病因，在醫生指導下對癥治療。具體內容如下：
1.便秘：如果小孩長時間不喝水或者吃熱性食物，可能引起便秘，導致三歲小孩大便時痛，伴隨腹脹、腹痛等癥狀。家長可以在醫生指導下給小孩服用健胃消食片、雙歧桿菌活菌散、乳酶生片等藥物進行治療。生活中保持飲食清淡，不吃辛辣、刺激的食物。
2.肛門發炎：如果小孩平時不注意個人的肛門周圍清潔衛生，導致局部細菌滋生引發肛門發炎，可能引起三歲小孩大便時痛的情況。家長生活中可以用溫開水對小孩局部進行清洗，減少對局部的刺激性，還可以在醫生指導下給小孩服用甲硝唑片、頭孢克肟分散片、阿莫西林膠囊等藥物進行治療。
3.肛裂：三歲小孩處在生長發育階段，如果長時間便秘，腸道內的糞便不能有效地排泄，堆積在腸道內導致水分大量蒸發，容易變得干結，長時間下去容易引發肛裂，從而導致三歲小孩大便時痛。家長可以在醫生指導下給小孩涂抹紅霉素軟膏、復方角菜酸酯乳膏等藥物進行治療，生活中注意多喝水，補充身體水分。