卵巢囊腫和多囊卵巢不是一個意思。卵巢囊腫是由于卵巢上面有囊性的包塊而導致，比如說炎性囊腫、巧克力囊腫或者是卵巢贅生性病變等。多囊卵巢是由于卵巢有很多小囊樣病變引起內分泌失調，從而影響月經不調，影響排卵等。具體如下：
1、卵巢囊腫：臨床上多指發生于卵巢的生理性囊腫、良性腫瘤、子宮內膜異位癥等，各年齡均可患病，但以20～50歲最多見。卵巢囊腫是一類女性生殖器常見疾病，有各種不同的性質和形態，主要表現為可動性、無觸痛的盆腔包塊。卵巢囊腫分為生理性和病理性。生理性卵巢囊腫可隨卵巢的周期性變化而自行消失，一般直徑不會大于5厘米，常常發生在月經期的后半期，主要是由于卵泡黃素化所形成的囊腫。病理性卵巢囊腫通常會持續存在或進行性增大，多見于畸胎瘤、卵巢子宮內膜異位癥，也稱巧克力囊腫、卵巢上皮性腫瘤，如漿液性囊腺瘤、黏液性囊腺瘤等。如發現卵巢囊腫建議及時前往醫院就診，必要時需住院手術治療。
2、多囊卵巢：多囊卵巢指的是在一側卵巢內2到9mm的卵泡數目超過12個，就叫做多囊卵巢。而多囊卵巢加上排卵異常或高雄激素表現就可以診斷為多囊卵巢綜合征。多囊卵巢綜合征是一種常見的生殖內分泌代謝性疾病，多在青春期發病，不但影響內分泌功能，造成不孕不育，還可誘發多種疾病，此外還可影響體型及容貌。
通常醫生會根據患者的年齡、生育要求、臨床癥狀采取不同的治療措施，達到緩解癥狀、解決生育問題的目的。