通常情況下，針灸是安全的，不會導致嚴重問題，但仍有個別情況需留意。針灸治療中，誤選特殊部位穴位或操作失誤，未嚴格遵循標準程序，可能導致身體傷害，務必謹慎對待。
針灸操作時，選擇穴位比較重要。通常，醫生會避免選取面部（如風府、啞門、風池）和眼部（睛明、承泣、天樞）等易引發不適的部位，以及胸前和背部潛在風險較大的穴位，務必由醫生精準定位并操作。錯誤的針刺手法可能導致局部組織或器官受損，例如在胸背部穴位進行針灸不慎可能誘發氣胸風險。在腹部穴位進行針灸時，針刺不準確或患者伴隨肝脾腫大狀況，可能引發潛在的肝脾損傷風險。務必在正規醫療機構的針灸科或康復科尋求治療，醫生會根據個體差異進行診斷。
若操作不規范，如未嚴格消毒，可能導致感染風險。只有正規醫生，才可以進行針灸治療。尤其需注意使用特殊針具如埋線針和小針刀等，其潛在風險不容忽視。
故針灸治療需謹慎，推薦在正規醫療機構由醫生操作，以避免無謂的身體傷害。在皮膚有創傷或破損時，通常不建議進行針灸，以防傷口惡化。在進行針灸治療前，避免空腹，避免劇烈運動，留針期間保持身體姿勢穩定，切勿隨意移動，以防止可能的不適或并發癥。