分水嶺腦梗和普通腦梗在病因、臨床癥狀、治療、預后方面有所區別，分水嶺腦梗屬于特殊類型的腦梗死，包括皮質前型、皮質后型、皮質下型。
1、病因區別：分水嶺腦梗又稱為邊緣腦梗死，由于相鄰血管供血區交界處或分水嶺區局部缺血導致，典型病例發生于頸內動脈嚴重狹窄伴全身血壓降低時，局部缺血腦組織的血供嚴重依賴于血壓，小的血壓波動即可能導致卒中、腦缺血。普通腦梗是隨著年齡增長而加重，高齡、高血壓病、高脂血癥、糖尿病、吸煙等因素導致動脈粥樣硬化，進而形成血栓塊堵塞腦血管。
2、臨床癥狀區別：分水嶺腦梗發生于大腦前、中動脈時，可能會出現以上肢為主的偏癱及偏身感覺障礙，伴有情感障礙、強握反射、局灶性癲癇、運動性失語。分水嶺腦梗發生于大腦中、后動脈或大腦前、中、后動脈皮質支，可能會出現偏盲、象限盲、情感淡漠、記憶力減退、感覺性失語等癥狀。分水嶺腦梗發生于大腦前、中、后動脈皮質支與深穿支，主要表現為純運動性輕偏癱或感覺障礙、不自主運動。普通腦梗常在安靜或睡眠中發病，部分病例有腦缺血前驅癥狀，如肢體麻木、無力等，局灶性體征多在發病后10余小時或1-2日達到高峰，進而出現偏癱、意識障礙、癱瘓，甚至危及生命。
3、治療區別：分水嶺腦梗患者需要及時進行灌注治療，防止出現低血壓，隨后解除頸內動脈狹窄。普通腦梗需要及時進行溶栓治療，從而疏通腦血管，隨后進行灌注治療。
4、預后方面區別：分水嶺腦梗癥狀較輕，糾正病因后，病情易得到有效控制。普通腦梗發病30天內的病死率約為5%-15%，致殘率達50%以上，存活者中40%以上復發，且復發次數越多，病死率和致殘率越高。
存在動脈粥樣硬化時，需要警惕出現腦梗的幾率，如果出現不明原因意識障礙、呼之不應等情況，需要及時到醫院神經內科就診，通過腦電圖、核磁共振等檢查查明原因，并及時進行治療。