跑著膝蓋刺疼可能是運動量過大、缺鈣、滑膜炎等原因導致的，不同原因可采取不同的治療方式。
1.運動量過大：長時間未進行運動的患者可能會因為長時間跑步，膝關節部位的肌肉、軟組織發生損傷后，偶爾會出現刺疼的情況。建議患者多休息，可以通過按摩、熱敷等方式緩解疼痛。
2.缺鈣：患者可能會因為長時間鈣元素攝入不足導致缺鈣，患者可能會在跑步時出現膝關節刺疼、下肢無力等癥狀。患者可以按照醫囑使用葡萄糖酸鈣片、牡蠣碳酸鈣片等藥物來補鈣。
3.滑膜炎：患者可能會因為扭傷、劇烈撞擊等患上滑膜炎，患者在跑步的過程中可能會出現膝關節腫脹、刺疼等癥狀，患者在休息后，疼痛可能會得到緩解。患者可以按照醫囑使用塞來昔布膠囊、吲哚美辛膠囊等藥物進行治療，通常可以起到緩解疼痛的作用。
此外，骨關節炎、半月板損傷、痛風、類風濕關節炎等因素也可能會造成該癥狀，需要盡快就醫治療。