大多數人做腸鏡后不需要補充益生菌，少部分人則需要補充益生菌。做腸鏡檢查的目的是為了判斷腸道內是否出現病變。做腸鏡之前要做清腸準備，指在短時間內通過藥物的刺激、腸液的分泌，將腸道內的糞便等殘留物質沖洗干凈并排出，避免由于腸道準備不充分，影響檢查結果。
在清腸的過程中，隨著糞便及水分的排出，腸道內有益菌的數量會暫時性地減少，從而影響腸道菌群平衡。但做完腸鏡檢查，并恢復正常飲食后，一過性腸道菌群的缺失或失調，可以在正常機體的調節后恢復正常。所以部分人做完腸鏡之后，不需要補充益生菌。而腸道功能較差或本身患有菌群失調的人群，在做完腸鏡檢查后，腸道功能可能得不到有效恢復，或經過治療后腹瀉、腹脹等癥狀得不到有效緩解時，要適當補充益生菌。可在醫生指導下使用復方嗜酸乳桿菌片、地衣芽孢桿菌活菌膠囊等藥物，補充益生菌的菌群，從而促進腸道功能的恢復。
做完腸鏡檢查且服用益生菌調節腸道菌群后，如果出現比較嚴重或持續時間比較長的胃腸道癥狀，要及時到醫院就診，并在醫生指導下，針對病因進行相應的治療。