牙齦萎縮、牙根外露的治療方法和用藥應根據病因而定，通常該癥狀是由牙結石、牙齦炎、牙周炎等疾病引起。出現該癥狀后應及時到口腔科就診，以明確病因。
1、牙結石：如果患者存在牙結石，可能會對牙齦造成壓迫，導致牙齦萎縮、牙根外露。通常不需要服藥，而是選擇齦上潔治術、齦下刮治術等方法治療，齦上潔治術是用器械去除齦上的牙結石，齦下刮治術是把牙齦和牙根之間分離，把牙齦下面的牙結石刮除；
2、牙齦炎：牙齦炎的患者需要先徹底清除牙菌斑，并在醫生指導下使用青霉素V鉀片、阿奇霉素片、阿莫西林膠囊等藥物緩解炎癥。牙齦萎縮嚴重時，則需通過牙齦成形術，對牙齦炎或其他原因所致的牙齦形態異常進行修整與重建，經手術修整后使其形態正常化，并恢復正常功能，從而改善牙齦萎縮、牙根外露的情況；
3、牙周炎：牙周炎患者會出現牙槽骨吸收、牙齦萎縮、牙根外露等癥狀，也可通過齦上潔治術、齦下刮治術治療，牙齒松動者可作牙周夾板以固定松動的牙齒。術后還應遵醫囑口服頭孢拉定膠囊、甲硝唑片等藥物，避免傷口感染。
患者平時應選擇巴氏刷牙法刷牙，也不宜使用過硬的牙刷，以免造成牙齦損傷。日常需通過飲食補充多種維生素，如攝入甘藍、紫菜、白菜、橘子等新鮮的蔬菜和水果。