莖突過長手術風險一般不大，莖突過長手術屬于耳鼻喉科比較常見的手術，手術方法比較成熟，且局部創口較小，因此一般不會有很大風險。但也有可能會出現全麻意外、出血、感染等風險，只是幾率比較低。
莖突過長一般指莖突綜合征，莖突綜合征的患者如果沒有癥狀或癥狀較輕，可以采取非手術治療，如果患者有明顯的疼痛和咽部異物感等癥狀，可以選擇經口或頸外手術治療，頸部切口一般在耳后頸部進入，由于此處有頸部的大血管通過，所以術中可能會有血管破裂、出血的風險，但一般不會出現大血管出血。不管是哪種手術途徑，都需進行全身麻醉，任何全身麻醉的手術都會有全身麻醉意外的可能，但整體發生率很低。由于莖突過長手術的手術部位是在口咽部，屬于一個有菌環境，所以會有一定的術后感染風險，但這類感染多可以通過術后應用抗生素藥物進行預防。所以整體來說，這類手術并不會有較大風險。
莖突過長的患者大部分是因頸部疼痛或異物感等不適癥狀明顯，而決定進行手術治療，患者的臨床癥狀在術后多可逐漸緩解，但也有一部分患者癥狀緩解不明顯，還需繼續配合藥物治療、物理治療等進行相應處理，常用的藥物有非甾體類抗炎藥，如外用雙氯芬酸二乙胺乳膠劑等。