通常情況下，懷孕快三個月了小腹隱隱作痛可能是子宮增大、先兆流產、異位妊娠等原因引起的，具體分析如下：
1.子宮增大：隨著懷孕周數逐漸增加，子宮也會逐漸增大，從而可能因牽扯局部韌帶，導致懷孕快三個月了小腹隱隱作痛，屬于正常的生理表現，不用特殊治療。建議女性多臥床休息，避免彎腰負重，以免加重腹部不適。
2.先兆流產：如果女性自身黃體功能不足，便可能引發先兆流產，導致懷孕快三個月了小腹隱隱作痛。建議女性在醫生的指導下服用地屈孕酮片、黃體酮膠囊、固腎安胎丸等藥物進行保胎治療。
3.異位妊娠：如果女性有輸卵管粘連或輸卵管炎癥的情況，可能會導致受精卵無法著床，引發異位妊娠，引起懷孕快三個月了小腹隱隱作痛的癥狀，女性可以及時到醫院，通過輸卵管開窗術的方式終止妊娠。