一般情況下，三個月的寶寶晚上睡覺總是搖頭可能是生理性因素導致的，也可能是佝僂病、濕疹等病理性因素導致的，需要根據病因，對癥治療。具體內容如下：
一、生理性因素
如果晚上睡覺時，室內的溫度過高，可能會造成頭部出汗，容易影響三個月的寶寶睡眠質量，從而引起三個月的寶寶晚上睡覺總是搖頭。這是一種生理現象，一般無需特殊治療，家長需要對室內溫度進行調節。
二、病理性因素
1.佝僂病：三個月的寶寶在成長過程中，沒有及時補充維生素D，可能會造成體內缺乏維生素D，容易導致身體發育不良，從而引起佝僂病，出現晚上睡覺總是搖頭的癥狀。家長應該遵醫囑給三個月的寶寶使用維生素D滴劑、維生素AD滴劑等藥物進行治療；平時注意多曬太陽。
2.濕疹：如果天氣比較熱，沒有做好三個月的寶寶頭部的護理工作，容易引起濕疹，導致頭部瘙癢，從而造成三個月的寶寶晚上睡覺總是搖頭。家長應該遵醫囑給三個月的寶寶使用爐甘石洗劑、氧化鋅油等藥物進行治療；在日常生活中，還應該勤洗頭、及時擦拭汗液等。