慢性乙肝有自愈的可能，但大部分患者都無法獲得自愈。如果人體的免疫功能特別好，可能僅通過免疫系統的作用清除慢性乙肝病毒的感染，從而得到自愈。但由于本病具有傳染性，通常建議在醫生指導下科學治療，不建議盲目依賴于自己的免疫力，而且大部分患者無法通過自我清除乙肝病毒獲得自愈。
慢性乙型肝炎是指感染乙肝病毒后病程超過半年的感染性疾病，乙肝病毒可對患者的肝細胞造成連續性損傷，患者大多具有持續性或嚴重的免疫病理反應，主要表現出畏食、腹脹、乏力、惡心、肝區疼痛等癥狀。輕度慢性乙型肝炎患者在經過治療后通常預后較好，但如果沒有進行及時有效治療，發展為重度的慢性乙型肝炎，部分患者可能會出現肝硬化或者肝癌等嚴重病變，一般預后較差。
慢性乙肝患者通常應及時應用抗病毒的藥物，常用的抗乙肝病毒藥物包括兩大類，第一大類是針劑藥物，通常指干擾素，常通過注射的途徑進行治療，干擾素一旦起效，停藥以后復發的可能較小，但能夠起到很好療效的患者比例并不高，且用藥后出現不良反應的概率較大，常見的不良反應有發燒、甲狀腺功能異常、眼底病變等。因此通常需要用到第二大類藥物，即抗乙肝病毒的口服藥物。臨床常用的是恩替卡韋分散片和富馬酸替諾福韋二吡呋酯片，配合口服藥物可以有效控制病毒的復制，但一般用藥療程比較長，需要好幾年甚至更長的時間，才能獲得慢性乙肝的治愈。