氯己定漱口液在臨床中稱為氯己定含漱液，是口腔科常用的一種抗菌性漱口液。氯己定含漱液一般在早晚刷牙或飯后漱口后進行含漱，含漱時至少在口腔內停留2-5分鐘后再吐出，一定避免把漱口液吞咽，5-10天為一個療程。使用本藥期間，如果還需要使用其他含漱液，建議間隔2小時，對本藥成分過敏者禁用，建議使用之前詳細查看說明書。
臨床上常用氯己定含漱液來減少口腔內細菌滋生，也可用于牙齦炎、冠周炎、口腔黏膜炎等引起的牙齦出血、牙周膿腫、口腔黏膜潰瘍等癥狀的輔助治療。但是氯己定含漱液是不能一直使用的，只可作為輔助治療，因為其本身是一種含有抗生素的藥物，長期使用可能會造成抗生素的耐藥性，從而使口腔內的菌群失調，使黏膜出現問題。