鳳仙透骨草與透骨草的區別在于原植物、藥效等方面，患者使用前需先咨詢醫生，遵醫囑選擇合適的藥物，以免藥不對癥而加重機體不適。
1、原植物：透骨草分為南北方所用原植物不同，南方是用鳳仙花植物鳳仙的全草，與鳳仙透骨草相同，處方名是透骨草、鳳仙草。而北方炮制透骨草時則選用大戟科植物地構草的全草，地構草莖呈圓柱形，表面淡綠至灰綠色，有灰白色的絨毛，質地較為堅硬且容易折斷，斷面呈黃白色。而鳳仙莖粗壯、直立、肉質，一般無毛；
2、藥效：透骨草性溫、味辛，有小毒，歸于肝經、腎經，能夠祛風濕、活血、止痛等，可以在醫生指導下煎水外用，以減輕風寒濕邪積聚所致疼痛、筋骨攣縮等。而鳳仙透骨草雖有小毒，歸于肝經、腎經，但味苦辛、性平，也可以起到祛風濕、活血、止痛等作用，但經煎煮后一般用于跌打損傷、痛經、閉經等。
因為鳳仙透骨草、透骨草均具有毒性，應用前需先咨詢中醫內科醫生建議，避免過量飲用而引發藥物中毒癥狀，以免出現面色蒼白、精神不振、昏迷等癥狀。并且兩種藥物藥性溫平，過量服用還會導致體內陰陽失衡，容易出現上火。
