三磷酸腺苷二鈉片按醫生指導合理使用，一般不會有害處。但部分人也可能出現胃腸道不適反應、過敏及肝腎臟功能損傷等問題，通常較少見。
三磷酸腺苷二鈉片屬于輔酶類藥物，主要用于治療進行性肌萎縮、腦出血后遺癥、肝炎等問題。正常情況下如果按照醫生指導用藥，一般不會出現明顯害處，只有部分患者可能會因為藥物刺激，出現反胃、腹瀉及嘔吐等胃腸道不良反應，但大多都比較輕微，不會影響后續的用藥情況，也不需要進行特殊治療。
還有部分人對三磷酸腺苷二鈉片里面的成分存在過敏情況，用藥后就可能出現過敏反應。如果長時間用藥或者過量用藥，藥物需要經肝臟、腎臟器官進行代謝，就可能導致其負擔加重，長期如此就會出現肝腎功能損傷的情況。
對本藥物過敏患者禁用三磷酸腺苷二鈉片，兒童、孕婦及哺乳期女性對三磷酸腺苷二鈉片的安全性還不是很明顯，故必須在專業醫生的指導下使用。