眼周長扁平疣的處理方法包括外用藥物、物理治療、免疫調節劑、中藥治療、日常護理等，建議及時就醫并遵醫囑治療。
1.外用藥物：可選用維A酸乳膏，其能調節皮膚細胞的生長和分化，促進疣體脫落。每晚清潔眼周皮膚后，取適量均勻涂抹于扁平疣上，注意避開眼黏膜。也可使用咪喹莫特乳膏，通過刺激局部免疫反應來對抗病毒，輕輕按摩至吸收，但可能會引起局部輕微的紅斑、瘙癢等反應。
2.物理治療：冷凍治療較為常用，利用液氮的低溫使疣體組織壞死、脫落。治療時醫生會用棉簽蘸取液氮點涂在扁平疣上，可能需要多次治療，治療后局部會出現水皰、結痂，待痂皮自然脫落。激光治療則是通過激光的光熱效應瞬間氣化疣體，具有精準、恢復相對較快的優點，但可能留下色素沉著，且費用較高。
3.免疫調節劑：如干擾素凝膠，具有抗病毒和免疫調節作用。可涂抹于眼周長扁平疣處，能增強局部免疫功能，抑制病毒復制，幫助疣體消退，但部分患者使用初期可能有局部刺痛感，一般可逐漸耐受。
4.中藥治療：可選用鴉膽子仁，將其搗爛后外敷于扁平疣上，鴉膽子有腐蝕性，能破壞疣體組織，但要注意保護周圍正常皮膚，避免接觸引起損傷。也可口服一些具有清熱解毒、軟堅散結功效的中藥方劑，如馬齒莧合劑等，但中藥治療起效相對較慢，需堅持服用一段時間。
5.日常護理：避免搔抓眼周疣體，防止病毒自身接種導致疣體增多。注意個人衛生，不與他人共用毛巾、臉盆等生活用品，防止病毒傳播。同時，保持眼周皮膚清潔，使用溫和的潔面產品，避免使用刺激性化妝品。
眼周長扁平疣患者在治療過程中要嚴格遵循醫囑，定期復查。