百部的副作用有咽喉不適、胃腸道不適、藥物中毒、肝火過旺、呼吸中樞神經麻痹等，出現不適時應及時到醫院進行就醫治療。
1、咽喉不適：百部可能會刺激咽喉部，出現口干舌燥、咽喉腫痛等癥狀。
2、胃腸道不適：百部中含有多種生物堿，可能會刺激胃腸道，引起胃腸道不適。部分患者服用百部后，可能會出現腹痛、腹瀉、膽絞痛等癥狀。
3、藥物中毒：百部中含有多種生物堿，如百部堿、百部定堿等，如果患者大劑量服用百部，可能會導致藥物中毒，甚至出現呼吸困難。
4、肝火過旺：百部性溫，不適合肝火旺盛的患者服用，以免加重肝火，出現肝火過旺的癥狀，如口舌生瘡、口腔潰瘍、生氣易怒等。
5、呼吸中樞神經麻痹：百部中的生物堿對神經細胞可能產生毒性作用，導致中樞神經系統抑制，甚至導致嗜睡、昏迷，甚至呼吸衰竭等嚴重后果。
百部應在醫生指導下使用，避免擅自服用，以免出現其他不適癥狀，同時在服用百部時應注意飲食清淡，不吃辛辣刺激性的食物。