兒童急性良性肌炎的鑒別診斷方法有很多。一般和流感、多發性肌炎、流行性肌痛、急性肌紅蛋白尿癥等癥對比鑒別。
1、流感：流感患者初期表現的肌痛一般較為廣泛，且伴有乏力等癥狀，而兒童急性良性肌炎引發的肌痛局限于雙側小腿部且疼痛感較強；
2、多發性肌炎：多發性肌炎病發緩慢，并且病癥主要在四肢的近端，并且還會引起皮膚損害，但沒有嚴重的肌痛和觸痛癥狀。而兒童急性良性肌炎在原發病1-3天發生，在2-5天內迅速消失，發展比較迅速，且一般不引起皮膚損害；
3、流行性肌痛：流行性肌痛是由埃可病毒等引起，臨床多表現為發熱、頭痛等癥狀，會引起突發的膈肌附著處或胸部兩側劇烈的發作性疼痛，當體位改變或深呼吸可使疼痛加劇。兒童急性良性肌炎則由流感病毒引起，兩者發病因素以及疼痛部位不同；
4、肌紅蛋白尿：該病癥可能會出現嚴重肌痛、肌肉腫脹和肌肉痙攣，有明顯的觸痛感等癥狀，尿液中含有肌紅蛋白且尿呈醬油色，尿隱血試驗表現為陰性，嚴重可引發急性腎衰竭，于病毒感染的高熱期發生。而兒童急性良性肌炎并不會導致尿液異常。