羊水穿刺可能有誤診過，但比較少。羊水穿刺是指經過超聲介導下的羊膜腔穿刺術，是臨床中應用較廣泛介入性的產前診斷技術，主要通過抽取羊水獲得其中的胎兒細胞或者是胎兒DNA進行遺傳學檢查，羊水穿刺的準確率可達到99%左右。但是臨床中對于任何一種檢查或者是治療方案，都不能確保是100%的成功。
羊水穿刺作為一種產前診斷，是通過直接抽取羊水，從而獲得胎兒的細胞或者是DNA進行遺傳學的檢查，極個別的情況下，如果檢查時孕周比較小，羊水少，或者是羊水被母血污染，可能會出現誤診的情況。但是不能夠認為有極低的漏診率而不認可羊水穿刺檢查，并且羊水穿刺檢查的并發癥也比較少見，其中胎兒丟失的風險約為0.5%左右，陰道見紅或羊水泄露發生率為1%-2%。
進行了羊水穿刺后，一定要密切觀察胎兒的胎心以及孕婦的生命體征變化，避免多次操作，操作時注意避開腸管和膀胱，做完羊水穿刺手術之后，孕婦需要臥床休息。