頭皮囊腫通常不會自己消失，建議及時就醫診治，謹遵醫囑。
頭皮囊腫一般是由于皮脂腺導管堵塞，皮脂腺分泌物無法正常排出而形成的潴留囊腫，有完整的包膜，囊內含有皮脂等成分。只要導致其形成的根本原因——導管堵塞沒有得到解決，囊腫就會持續存在。在一些特殊情況下，比如囊腫較小，而且身體的自身免疫反應或者局部的炎癥反應使得堵塞的導管暫時疏通，囊內物質有可能會被少量吸收，但這種情況非常罕見，而且囊腫很難完全自行消退。
另外，頭皮囊腫還可能會因為反復受到摩擦、擠壓或者細菌感染而出現炎癥。一旦發生炎癥，囊腫會變得紅腫、疼痛，甚至可能會破潰、流膿。如果不進行恰當的處理，炎癥可能會反復發生，囊腫也會逐漸增大，所以一般建議對頭皮囊腫采取合適的治療措施。