精子畸形率高一般會影響胚胎質量，精子畸形率是指異常精子占總精子數的百分率，如果精液中含有大量畸形精子，受精能力往往會降低，進而影響到胚胎質量。
精子畸形率越高對受精率和活產率影響越顯著，因為精子形成過程中魚精蛋白的比例發生改變，使精子形態及其他精液參數發生變化，影響受精過程和胚胎質量。精子畸形率高有可能是精囊炎、睪丸炎造成，還可能是不良生活習慣導致，如抽煙、酗酒、濫用對精子發育影響較大的藥物，或者睪丸處溫度過高等情況。如果檢查后出現精子致畸率較高的情況，一般精子不會與卵子相結合，通常會引起不育，即使結合后也可能會影響胚胎質量，懷孕后受到受精卵質量影響，可能會導致女性出現流產或者胎兒畸形的情況。
精子畸形率高的患者平時要穿寬松的衣物、避免久坐、加強鍛煉，改善全身血液循環，減少吸煙喝酒、保證規律性生活、拒絕不潔性生活，避免泌尿系統感染，還需要每三個月前往醫院的生殖輔助科就診，完善染色體檢查。