肛管癌患者自身情況較差或病情已經發展到晚期時，不推薦進行手術治療，此時可通過化療、靶向藥物治療、生物治療和免疫治療等方法，起到控制病情、減輕癥狀、延長壽命的目的。
1、自身情況較差：如果患者的自身身體狀況不符合手術條件，如身體較為虛弱，無法承受手術打擊。此外患者對麻醉藥過敏或自身患有其他嚴重急性或惡性疾病，也不推薦進行手術治療，這種情況下進行手術可能會有生命危險；
2、病情較重：當患者病情較重或已經發展到肛管癌晚期時，可出現全身性轉移，此時無法通過手術將病灶清除干凈，無法達到根治性的目的。在手術后的短時間內可能會出現癥狀復發，這樣的患者也不推薦手術治療。
無法進行手術的肛管癌患者，可以進行保守治療或綜合性的治療，達到控制腫瘤生長和擴散的情況，減輕自身的癥狀，如化療、靶向藥物治療，生物治療和免疫治療等，可以在一定程度上延長壽命。